Για δεκαετίες, ο λιγνίτης αποτέλεσε τη ραχοκοκαλιά του ελληνικού συστήματος ηλεκτροπαραγωγής, προσφέροντας ενεργειακή αυτάρκεια και στηρίζοντας τη βιομηχανική ανάπτυξη της χώρας. Ωστόσο, η επίκληση του λιγνίτη ως «εθνικού καυσίμου» στη σημερινή εποχή αγνοεί τη σκληρή οικονομική και περιβαλλοντική πραγματικότητα. Η παραγωγή ενέργειας από λιγνίτη έχει καταστεί πλέον εξαιρετικά ασύμφορη, κυρίως λόγω του κόστους των δικαιωμάτων εκπομπών διοξειδίου του άνθρακα. Το κόστος αυτό δεν αποτελεί μια αυθαίρετη εκτίμηση, αλλά προκύπτει από την τιμή των δικαιωμάτων ρύπων στην Ευρώπη με τον συντελεστή εκπομπών του ελληνικού λιγνίτη.
Λόγω των ποιοτικών χαρακτηριστικών του λιγνίτη σε συνδυασμό με το χαμηλό βαθμό φόρτισης των λιγνιτικών μονάδων, προκύπτει ειδική εκπομπή της τάξεως του 1,15 έως και 1,6 τόνοι CO2/MWhe. Με τη χρηματιστηριακή τιμή του CO2 να κινείται σταθερά στην περιοχή των 80 ευρώ ανά τόνο –και με σαφή τάση ανόδου προς τα 90 με 100 ευρώ– το κόστος των ρύπων μόνο για την κάλυψη των δικαιωμάτων CO2 διαμορφώνεται περίπου από 92€ ανά MWh (περίπτωση Πτολεμαΐδας V ) και μπορεί να φτάσει έως τα 160€ ανά MWh (για τις παλαιότερες μονάδες) όταν η μέση τιμή της χονδρικής αγοράς ηλεκτρικής ενέργειας κινείται τους τελευταίους μήνες στα επίπεδα των 90 ευρώ.